共产党人是唯物主义者，佛教徒是唯心主义者，共产党人主张无神论，佛教徒主张有神论，共产党人能同佛教徒很好地合作吗？这是达赖喇嘛和西藏上层人士最大的疑虑。1950年5月，经毛泽东亲自审定和西藏谈判的十项条件中，第三条就明确指出：“达赖活佛之地位及职权，不予变更。”5月26日，经毛泽东审定的《人民日报》社论又再次指出：“在西藏人民中，佛教有很高的威信。人民对达赖喇嘛和班禅喇嘛的信仰是很高的。因此，协议中不但规定了对宗教应予尊重，对寺庙应予保护，而且对藏族人民的领袖地位和职权也予以尊重。
毛泽东认为，团结藏族同胞共同奋斗，必须十分尊重他们的宗教信仰和风俗习惯。“我们不能强迫人家信什么，也不能强迫人家不信什么，宗教问题归根到底是一个认识问题，当前只能采取说服教育的方法，不能采取压服的办法，更不能采取行政手段来消灭宗教。”1952年10月，毛泽东在接见西藏致敬团时指出，“共产党对宗教采取保护政策，信教的和不信教的，信这种教和和信别种教的，一律加以保护，尊重其信仰。今天对宗教采取保护政策，将来也采取保护政策。”1953年3月，他在致达赖喇嘛的信中再次重申，“西藏的宗教和在国内其它地方的宗教一样，是已经受到尊重和保护的。只要人民还相信宗教，宗教就不应当也不可能人为地加以消灭。”1954年，达赖到北京参加第一次全国人民代表大会。9月11日，毛泽东在中南海勤政殿第一次接见了达赖喇嘛和班禅喇嘛，并进行了长时间的交谈，勉励他们要坚定地站在反帝爱国的立场上、要搞好团结，为祖国、为西藏人民多做有益的事。9月27日，达赖喇嘛当选为第一届全国人民代表大会常务委员会副委员长，班禅喇嘛当选为常务委员。同年12月25日，达赖喇嘛当选为全国政协常委，班禅喇嘛当选为全国政协副主席。他们成了最年轻的国家领导人。在京期间，毛泽东多次和他们谈话，勉励他们说：“你们两位不仅是西藏的领袖人物，而且是国家领导人，搞好你们两位活佛之间的团结非常重要。还要搞好噶厦方面和堪布厅方面的团结，搞好藏族同志和汉族同志的团结。”还说：“每个民族都有自己的民族领袖，西藏有达赖和班禅这样的领袖是很好的。”同时还指出，在西藏，不能只喊毛主席万岁，朱总司令万岁，还要喊达赖喇嘛万岁，班禅喇嘛万岁，不能只挂毛主席和朱总司令的像，还要挂达赖和班禅的像。毛泽东还身体力行，当他接见的西藏国庆观礼团代表们高呼“共产党万岁”、“毛主席万岁”时，毛泽东高呼“达赖喇嘛万岁”、“班禅喇嘛万岁”。
达赖出逃印度在几年的交往中，毛泽东和达赖喇嘛多次通信并互赠礼物，达赖喇嘛赠送毛泽东的有黄金五两、红花一桶、哈达一条以及照片鲜花等，后毛泽东将其送民委保存。毛泽东赠送达赖喇嘛的有电影放映机以及《中国人民的胜利》、《中华民族大团结》影片各一部，黄缎几匹、扩音机2个、喇叭4个、电转1个、片子几个、长白山人参1个、貂皮衣筒1件。毛泽东不仅用政策去争取达赖喇嘛，而且努力用感情去影响和感化达赖喇嘛。
为争取达赖喇嘛及西藏大多数上层人士，针对达赖等上层集团的大多数对实行《关于和平解放西藏的办法的协议》很勉强的状态，毛泽东在坚持原则的前提下，作了极大的让步，显示了高度灵活的策略原则，他在致达赖喇嘛的信以及讲话中多次表示，我们要把协议的全部实行延缓下去，“成立军政委员会和改编藏军是协议上规定的，因为你们害怕，我通知西藏工作的同志要他们慢点执行。今年害怕，就待明年执行，如果明年还害怕，就等后年执行。”对于西藏的社会改革，毛泽东明确指出，“目前几年不实行改革”，“要各方面条件成熟，方能实行”，“中央认为第二个五年计划是不能实行的，第三个五年计划时期还要看情况如何才能决定。”但是让步是有原则的，这个原则就是不能破坏十七条协议，也就是不能破坏国家的统一、民族的团结、社会的稳定，否则“就有可能激起劳动人民起来推翻封建制度，建设民主的西藏。”1956年11月，印度政府邀请达赖喇嘛和班禅喇嘛参加释伽牟尼涅2500年纪念活动。让不让达赖等人去呢？毛泽东认为“还是让他去好，不让他去不好。”“要估计达赖可能不回来，不仅不回来，而且天天骂娘，说‘共产党侵略西藏’等等，甚至在印度宣布‘西藏独立’，他也可能指使西藏上层反动分子来一个号召，大闹起来，把我们赶走，而他自己却说他不在那里，不负责任。”正如毛泽东所预料的，达赖等到达印度以后，在印度的一小撮西藏反动分子，企图把达赖、班禅等推向分裂的道路。经过在印度的周恩来的坚决斗争和耐心说服，班禅先期回国，达赖喇嘛在晚些时候也回来了。
达赖回国后，毛泽东在致达赖的信中肯定他“在访问印度期间，拒绝了那些逃亡国外的反动分子的坏主意，是做得很对的。”并希望他在加强各民族团结和西藏内部团结的工作中做出新的成就，对达赖的动摇进行了耐心帮助。
令人遗憾的是，党和毛泽东的耐心帮助、争取并没有使达赖喇嘛的思想发生真正的转变。1959年3月10日，西藏发生叛乱，达赖出逃到印度。但是，毛泽东还是希望能争取达赖回国。
1959年4月，他在接见班禅时说，“达赖叛逃了，这件事是我们所不希望的。但只要他们回心转意，我们还是欢迎的。”正是在这种思想的指导下，第二届全国人大一次会议仍然选举达赖为全国人民代表大会常务委员会副委员长，并保留了西藏自治区筹备委员会主任委员的职务。但是，达赖在分裂中国的路上越走越远，1964年12月，第三届全国人民代表大会不得不撤消了他的这些职务。（摘自《党史纵横》）