有关水这种变化无常的流体，给人类造福又造孽。即使像三门峡这种工程，周恩来等中央领导已经是慎之又慎，在进行之中，还是出现过不少问题。许多问题无法预料，人们只能遵从“失败是成功之母”的哲理，走几步跌一下，爬起来再走。
　　 毛泽东在巡视黄河时，曾担心泥沙过多而使三门峡水库成为泥库。这种担心成了事实。三门峡水库1960年9月开始蓄水，仅一年半的时间，水库就淤了15亿吨泥沙，不仅三门峡到潼关的峡谷里淤起厚厚的泥沙，就是潼关以上，渭河和北洛河的入黄口，也淤了“拦门沙”。问题的严重性已经引起各界的关注，议论颇多。首受其害的陕西省反应最为强烈。他们多次向中央反映，甚至到毛泽东那里告了“御状”。1962年4月，在全国二届人大三次会议上，陕西省代表提出第148号提案，要求三门峡工程增建泄洪排沙设施，以减轻库区淤积。会后，周恩来亲自召集有关人员研究办法。此前三门峡水库已由“蓄水拦沙”运用，改为“滞洪排沙”运用，但仍未制止淤积。到1964年11月，总计淤了50亿吨，渭河的淤积影响，已到距西安30多公里的耿镇附近。
　　 在中央的会议上，周恩来坦白地说：“三门峡的水利枢纽工程到底利多大，害多大，利害相比究竟如何，现在还不能作结论。原来泥沙多有问题，现在水清了也有问题。水清了，冲刷下游河床，乱改道，堤防都巩固不住了……洪水出乱子，清水也出乱子。这个事情，本来我们的老祖宗有一套经验，但是我们对祖宗的经验也不注意了。”有人把建三门峡工程这件事都推到苏联头上。周恩来不同意：“三门峡工程苏联鼓励我们搞，现在发生了问题，当然不能怪他们，是我们自己作主的，苏联没有洪水和泥沙的经验。”他承认，现在看来三门峡工程上马是急了一些，一些问题不是完全不知道，而是了解得不够，研究得不透，没有准备好，就发动了进攻，这一仗一打到现在很被动。黄河规划时间短了些，搞得比较粗糙。
　　 1964年春天，邓小平总书记到西安，陕西省对三门峡的淤积问题意见更大了。邓小平把王化云找去。王化云说，要解决三门峡库区淤积，还得靠上游修拦泥水库，三年修两个，见效快，花钱也不多。邓小平回京后指示中央书记处找水电部定方案。当时，周恩来正出访非洲，彭真开会过问了此事。会上，刘澜波和钱正英都不赞成修拦泥库的方案。周恩来出访归来，不顾旅途劳累，深夜打电话把钱正英找去，详细询问三门峡工程情况，要钱正英去现场查勘。毛泽东听到陕西省的反映，焦虑不安，又没见到解决的确定方案，便对周恩来说：“三门峡不行就把它炸掉！”
　　 炸坝是否可行？陕西省有意见不说，水电部和黄委会的意见也不一致，周恩来决定专门开一次治黄会议解决淤积问题。
　　 这次会议原定1964年10月召开。10月15日深夜传来了赫鲁晓夫下台的消息，16日下午，中国西部上空升起了一片巨大的蘑菇云。这是历史相映成趣的一天，一个“上天”，一个“下台”，两个消息震惊了世界。世界形势是否会起变化？毛泽东说且慢，他让周恩来先到莫斯科去摸摸底，观察一下赫鲁晓夫下台后，中苏关系有没有得到改善的希望。周恩来到达莫斯科后，与苏联领导层进行了频繁的接触，表达了中国党和政府希望改善中苏关系的诚意。然而，正当周恩来准备继续与苏方谈兄弟国家的关系时，一件严重的不愉快事件发生了：11月7日晚，苏联政府在克里姆林宫举行庆祝十月革命47周年招待会上，正当周恩来向一些苏联元帅走去的时候，迎面走来苏联国防部长马利诺夫斯基。他劈头盖脸对周恩来冒出一句恶语：“中国人不要耍政治魔术。”周恩来一愣，很快猜出他的用意。因为在场还有一些西方国家的使节和记者，周恩来有意把马利诺夫斯基的话岔开了。可马利诺夫斯基却不肯罢休，进一步恶意挑动：“不要让任何鬼来妨害我们的关系……俄国人民要幸福，中国人民也要幸福，我们不要任何毛，也不要任何赫鲁晓夫来妨害我们的关系。”周恩来闻言大为不快，但在这样的场合不便与他理论，只是严肃地故意对他说：“你的话我不懂。”说完就走到旁边去和别的元帅交谈。而马利诺夫斯基仍在喋喋不休：“我们俄国人搞掉了赫鲁晓夫，你们也要搞掉毛泽东……”马利诺夫斯基见周恩来不搭理他，又跑去跟贺龙元帅纠缠，说得更明白了：“我们现在已经把赫鲁晓夫搞掉了，你们也应该仿效我们的榜样，把毛泽东也搞下台去。这样我们就能和好。”贺龙立即反驳说：“这是根本不能相比的两回事，我们党和你们的情况是完全不一样的，你的想法是根本不会实现的，而且是错误的。”马利诺夫斯基还说了一些极端粗鲁的话，攻击斯大林和毛泽东，都遭到贺龙的严斥。有感于此，中国代表团气愤地离开了宴会大厅，回到中国驻苏大使馆。第二天，当勃列日涅夫等到中国党政代表团驻地回拜时，周恩来就昨天的事提出了强烈抗议，要求苏方澄清：苏共欢迎我们来的目的之一是不是要当众向我们挑衅，是不是期待中国党也撤换毛泽东的领导。勃列日涅夫等辩解说，马利诺夫斯基挑衅一事他们是事后得知的，并感到不安和愤怒。但马利诺夫斯基不是苏共中央主席团委员，他是“酒后失言”，不代表苏共中央，而且翻译上也有错，他已受到中央委员会的谴责。周恩来严辞驳斥：马利诺夫斯基并非“酒后失言”，而是“酒后吐真言”，这不是简单的偶然的个人行为，而是反映苏联领导层中仍有人继续赫鲁晓夫那一套，即对中国党政代表团挑衅，侮辱中国人民和中国党的领袖毛泽东同志，这是连赫鲁晓夫在位时也未曾采用过的恶劣手段。周恩来表示，这事他回国后要报告中共中央。8日这天，美国、英国等国的通讯社根据头一天马利诺夫斯基的恶性事件从莫斯科报道，称：这里的权威人士说，苏共已和中共达成协议，要毛泽东下台，由周恩来来当中共中央主席。周恩来对苏共领导人说，这并不是什么偶然的巧合，如果不是苏联领导人中有这种思想，马利诺夫斯基岂敢这样胡说八道？苏方说，马利诺夫斯基是胡说并已经道歉，这个问题已经结束。周恩来说，问题没有结束，我们还要研究，要报告中央。勃列日涅夫说：“那当然，那当然！”11月14日下午，中国党政代表团乘坐的专机在北京东郊机场降落，毛泽东等中央领导人亲率数千群众迎候。周恩来与毛泽东等人紧紧握手，而后绕场一周，向群众致意。随后，周恩来直接从机场去毛泽东处开会，向中央汇报此次访苏情况。
　　 治黄会议因此延期。直到12月5日，治黄会议在周恩来的亲自主持下召开。这是治黄史上一次重要会议。他对与会人员说：“我本来想用半个月到一个月的时间去现场看看，由于临时有国际活动，回国后又忙于准备三届人大，离不开北京。”其间他要筹备人大和政协会议，又要处理外交和内政，忙得不可开交。他还是抽空参加治黄会议，有时实在分不开身，就委托别人组织继续开会，他派秘书来听。
　　 这次会议也是一次充分民主、气氛异常活跃的会议。